分子动力学模拟也能用GPU加速？NVIDIA Tesla告诉你答案

AMBER(Assist Model Building with Energy Minimization)是一款著名的分子动力学模拟软件包。从 V11 版本开始，AMBER 开始可以使用 NVIDIA 的 GPU 来进行显性溶剂 PME 和隐性溶剂 GB 仿真。

本测试针对 Cellulose（纤维素）进行，确认AMBER在 GPU 上的加速效果。

默认情况下，AMBER 不会自动去调用 GPU，于是我们手动编译了支持 cuda 的版本， pmemd.cuda.MPI（多 GPU 版）与 pmemd.cuda（单 GPU 版） 。

在本次测试中所使用的分子是纤维素（Cellulose），它的原子数量为：408,609 atoms。

测试步骤

 

测试环境

在 CPU 下的测试

本次测试中所使用的分子是纤维素（Cellulose），它的原子数量为：408,609 atoms。

使用 CPU 编译的版本，在 CPU 运行的测试结果如下图所示。

 

在单 GPU 下的测试

 

在双 GPU 下的测试

在本次测试中使用双 GPU 来进行纤维素的分子模拟，需要使用多 GPU 支持的并行版本，使用 pmemd.cuda.MPI 命令，每个进程推荐使用一个 GPU。其最后的测试结果如下图所示。

 

测试结果

测试结果证明NVIDIA Tesla GPU加速器对AMBER有极大幅度的提升。

推荐配置